Muster kündigung ard

Transkriptomanalysen in kernnuklearen Exosomen ermöglichen den Nachweis vieler kryptischer RNA-Arten7. Arabidopsis Mutanten ohne den RNA-Helicase HUA ENHANCER 2 (HEN2) zeigen defekte Exosomenaktivität40. Wir führten TIF-seq in der hen2-2 Mutant, um kryptische Transkript isoformen in Arabidopsis zu kartieren. Biologische Wiederholungen von Hen2-2 TIF-Seq-Bibliotheken korrelierten gut (r = 0,99, Ergänzende Abb. 5a), aber wir konnten keinen Anstieg der Transkriptisoformen pro Gen im Vergleich zum Wildtyp feststellen (Supplementary Fig. 5b). TIF-seq-Daten von Hen2-2-Mutanten zeigten einen erhöhten Anteil an intergenen Transkripten und Antisense-Isoformen39 (Abb. 3a, b). Interessanterweise entdeckten wir einen hohen Anteil an interner Kündigung, was für vorzeitig gekündigte Transkripte steht (Abb. 3b). Insbesondere tIF-seq-Daten in hen2-2 Mutanten lösten eine Population von Transkripten mit 3-Enden in unmittelbarer Nähe zu Promotor-TSSs auf (Abb.

3c). Größenverteilungsdiagramme von Transkript-Isoformen zeigen, dass sich kurze Transkripte (ca. 200 nt) in hen2-2 ansammeln, die meist in der Nähe ihrer jeweiligen Promoter-TSSen enden (Abb. 3d). Wir haben diese Transkriptklasse als kurze Promoter-proximale RNAs (sppRNAs) definiert. Wir ermittelten eine mediane sppRNA-Länge von 93 nt (Abb. 3e). Insgesamt haben wir sppRNAs bei 13–15% der exprimierenden Gene nachgewiesen (Zusatztabelle 1). Gene mit sppRNAs zeigen eine erhöhte neu entstehende RNAPII-Transkription im Vergleich zu Genen ohne nachweisbare sppRNAs (Abb.

3f), was darauf hindeutet, dass sppRNAs an Genen mit allgemein höherer RNAPII-Transkriptionsaktivität nachgewiesen werden. Zusammen zeigte TIF-seq sppRNAs als ein vorherrschendes Merkmal der Pflanzengenexpression. Unsere Daten stimmen mit der Idee überein, dass sppRNA auf festgefahrene RNAPII-Komplexe zurückzuführen ist, die nicht in die produktive Dehnung gelangen, was möglicherweise einen Prüfpunkt für die RNAPII-Transkription während der frühen Transkriptionsdehnung darstellt. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass unsere Analysen der isoformen Vielfalt in Pflanzen über die Debatte über Spitzen der RNAPII-Belegung kurz nach TSS informieren, was darauf hindeutet, dass sie oft RNAPII-Komplexe darstellen, die mit einer vorzeitigen Transkriptionsbeendigung befasst sind. Die Transkriptiobisformdetektion durch TIF-seq beruht auf 3-Terminal-Poly(A)-Schwänzen, die mit den Aktivitäten eukaryotischer CPSF/CstF-3-End-Formationskomplexe verbunden sind. Um den Beitrag von Arabidopsis Cleavage Stimulation Spirationsfaktor 64 (CstF64) auf sppRNA 3-End-Formation zu testen, haben wir sppRNA und mRNA in der cstf64-2 mutant42 untersucht. Obwohl sppRNA polyadenyliert sind, konnten wir eine verringerte sppRNA in ctsf64-2 im Vergleich zum Wildtyp nicht auflösen (Abb.

Comments are Disabled